La barriera corallina è una delle attrazioni di Watamu e dell'Oceano Indiano keniano.
Al largo della località turistica la prima barriera è presente dall'imbocco del Mida Creek fino a Malindi, senza interruzioni e ha permesso nel corso del tempo e grazie alle maree, la formazione dei famosi atolli di sabbia al largo di Mayungu.
La prima barriera infatti, quando la bassa marea è particolarmente bassa, emergono al livello dell'acqua e sono anche percorribili a piedi, anche se la loro bellezza è da scoprire con lo "snorkeling", ovvero nuotando in profondità con maschera e pinne, se non nel "diving" con anche le bombole ad ossigeno. 
Vi sono poi altre barriere, sommerse, molto più al largo dell'oceano, dove si possono trovare più facilmente squali, balene, orche ed altre specie ittiche.
La barriera corallina, chiamata anche “reef”, costituisce uno degli ecosistemi più ricchi di specie dell’intero pianeta.
E’ una formazione calcarea, spesso molto profonda ed estesa, di origine animale dai mille colori e dalle svariate forme.
I "fondatori" di questo complesso bioma sono i madreporari, conosciuti con il nome di “coralli costruttori”.
I coralli sono costituiti da piccoli polipi di dimensioni variabili (da pochi millimetri ad alcuni centimetri), circondati da un calice calcareo detto “corallite” che presenta forma differente nelle diverse specie. All’interno di ogni polipo vivono delle alghe unicellulari chiamate “zooxantelle”.
Nella simbiosi corallina ogni organismo partecipa attivamente in maniera costruttiva alla sopravvivenza reciproca.
Le alghe ottengono dal polipo sostanze nutritizie ( fosfati, nitrati, anidride carbonica ), mentre quest’ultimo può ottenere ossigeno e prodotti metabolici dalla fotosintesi dell’alga.
Il complesso sistema ambientale della barriera corallina ha svariate funzioni nella natura marina.
Le barriere, infatti, sono un luogo ideale per la nascita e per la crescita degli avannotti (cioè i giovani pesci prima del periodo adulto), che costituiranno le popolazioni di pesci adulti  negli oceani di tutto il mondo. 
Nel Parco Marino di Watamu si trovano diverse zone interessanti da esplorare.
Qui la barriera si trova vicino alla costa e offre pertanto giardini di corallo poco profondi.
La struttura corallina offre una sorprendente varietà di habitat per piante e animali.
Moltissimi sono gli animali erbivori che si nutrono dei vegetali presenti sulla barriera: ricci di mare, crostacei, molluschi e varie specie di pesci. Ad esempio i pesci pappagallo (così chiamati dalla bocca robusta a forma di becco), e i pesci chirurgo (per la presenza di una lamella sulla coda tagliente come un bisturi) sono i principali erbivori.
La barriera esterna è caratterizzata da pareti a strapiombo e dalla presenza di grandi coralli cervello che attraggono costantemente un’abbondante fauna marina.
A Watamu le profondità medie di immersione all’altezza del Turtle Reef centrale si aggirano intorno ai 10-15 metri, con alte teste di corallo che attraggono grandi banchi di pesci pappagallo e pesci chirurgo.
Talvolta è possibile ammirare alcuni squali pinna bianca. 
Il Moray Reef (Barriera della Murena), poco distante, si distingue per uno strapiombo mozzafiato, che scende per 28 metri fino a un fondale sabbioso.
Qui i coralli fanno da dimora a polpi e anguille e a un’enorme murena semi-addomesticata. Sul margine della barriera si trovano numerosissimi nudibranchi, pesci angelo, pesci chirurgo e, talvolta, cernie o barracuda.
Un ottimo sito per le immersioni è il Canyon, un lungo canale sabbioso a 28 metri, costeggiato da profondi strapiombi su entrambi i lati.
Lì si trova uno straordinario arco ricoperto da coralli molli, mentre le pareti della barriera sono sempre popolate di caranghi e lutiani e in questa zona si possono anche incontrare razze o piccoli squali di barriera.