La presenza portoghese a Malindi iniziò con l’arrivo di Vasco de Gama nel 1498. E’ noto che la cappella fu costruita alla fine del XV secolo. E’ piuttosto sorprendente che le autorità di un’antica città islamica autorizzassero la costruzione di una chiesa cristiana.
A quel tempo i portoghesi che viaggiavano per mare stavano stabilendo basi commerciali in lungo e in largo sulla costa dell’Africa orientale. Generalmente venivano considerati degli intrusi non bene accetti a causa della loro rapacità e del  loro duro comportamento. Tuttavia apparve conveniente al sultano di Malindi e ai portoghesi allearsi con il sultano di Mombasa ed altri.
Furono stabilite cordiali relazioni che durarono per tutto il XVI secolo. Così fu concesso il permesso di creare  una fabbrica che comprendesse magazzini, abitazioni, uffici e perfino una cappella.
L’ ”enclave” resistette fino a quando la guarnigione si ritirò a Mombasa nel 1593; dopo tale data le relazioni si mantennero cordiali per circa un secolo. In quel periodo l’ “enclave” avrà ospitato circa sessanta cristiani. Per una simile comunità la cappella e il cimitero sembrano avere dimensioni modeste, ma probabilmente questa fu la decisione. Quando la cappella fu costruita, il culto islamico aveva raggiunto un livello di massima importanza: 17 moschee, segno della grandezza di questa splendida città.
Nel 1542 il famoso missionario San Francesco Saverio, trovandosi in rotta per Goa, possedimento portoghese situato sulla costa occidentale della penisola indiana, sbarcò a Malindi per dare sepoltura a un marinaio. A Roma Francesco Saverio aveva fondato, nel 1534 la compagnia di Gesù. Da ciò l’interesse e la generosità della compagnia per il restauro della cappella. La dedica a S. Francesco è sempre stata associata alla cappella. Contemporaneamente un importante cittadino musulmano disse a San Francesco che il culto islamico era scemato e che appena tre moschee erano ancora in uso.
Dopo la partenza dei portoghesi, nel 1593, la storia della cappella diviene oscura. Nel corso dei secoli XVII e XVIII l’importanza di Malindi declinò e quasi scomparve. Durante questo periodo venne descritta in rovina e abbandonata. Si nutrono dubbi che la cappella stessa possa essere stata ridotta in rovina in varie epoche.
Per circa 300 anni non sono state trovate notizie storiche su di essa.
Il cimitero venne usato nuovamente quando il primo Commissario Distrettuale Britannico di Malindi, J. Bell Smith vi venne sepolto nel 1894 e da allora governatori e coloni inglesi la utilizzarono per avere una sepoltura cristiana.  Oggi sono visibili nel cimitero altre lapidi di defunti una delle quali porta il nome di Charles Arnold Frank Mathews, il figlio di Canon Mathews, pioniere della coltivazione del tè in Kenya, che era andato a Malindi nel 1868 in vacanza e morì annegato nuotando nell'Oceano Indiano.
Oggi i sepolcri di quel tempo si possono ancora vedere, all’ombra delle piante tropicali e la vecchia chiesa è stata restaurata e di quella originale rimane solo il ricordo e il luogo.